복지부는 99년 11월 15일 이후 수가조정과 관련된 해명자료에서 2000년 4월 1일 수가 조정과 관련하여 약가인하로 인한 진료비 감소분 3,220억원을 보전하기 위해 당초 5.2%인상을 추진하였으나 당시 의료계가 물가상승률을 반영해 달라는 요구에 경제장관회의에서 6.0%를 인상키로 결정함에 따라 처음 3,220억원 보다 487억을 추가 배정하여 5.2%를 6.0%로 상향조정한 것이지, 진료수가 총액을 6조1,781억원에서 5조3,667억원으로 축소해 인상률을 맞춘 것이 아니라고 밝혔다.
또 2000년 7월 1일 수가조정과 관련해서는 수가인상율 산출작업이 이뤄지지 않은 상태에서 재경부가 내부보고를 위해 이미 의료보험연합회와 작업을 하여 산출한 수가인상률을 제시함에 따라 이 인상율을 그대로 수용했으며, 이에 따라 2000년 4월 1일과는 다른 접근방법을 채택하여 추정한 결과 9조1,000억원을 기본으로 발표한 것이지 4월달 총 진료수가 6조1천억원에 4월 1일 인상금액을 가산한 총 진료수가 6조5,488억원과 비교하여 축소가 아니라고 해명했다.
그리고 2000년 9월 1일 수가조정과 관련해서도 2000년 7월 1일 시행해야 할 의약분업이 1개월간의 계도기간과 함께 8월에도 정책적으로 시행하지 못하고 있었기 때문에 인상률 산출시 총 진료비를 2000년 7월 1일과 같은 금액으로 하는 것이 타당할 것으로 보아 6.5%로 계산했다며, 2000년 4월 1일과 7월 1일 수가인상을 반영한 것을 총 진료비로 하여 계산한 6.7%와는 차이가 있을 수밖에 없는 것이지 의도적으로 축소한 것은 아니라며 보도된 바와 같이 보건복지부가 발표한 30.7% 보다 7.6%가 높은 38.3%라는 것은 사실과 다르다고 주장했다.
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